Visit My Blogs
Selasa, 23 September 2008
SUBSTANSI GENETIKA DAN SINTESIS PROTEIN
DNA adalah rantai doble heliks berpilin yang berfungsi sebagi pewaris sifat dan sintesis protein.
Struktur DNA (deoxyribosenucleic acid) yaitu:
1. gula 5 karbon (deoksiribosa)
2. gugus fosfat
3. basa nitrogen.
Bentuk DNA adalah rantai double heliks berpilin ke kanan. Dalam DNA terdapat struktur-struktur di atas. Namun, jika diambil 1 lempeng yang mengandung ikatan fosfat, gula dan basa nitrogen, maka lempeng tersebut disebut nukleotida. Jika plat itu hanya basa nitrogen dan gula saja maka disebut nukleosida. Maka, DNA adalah polimer dari nukleotida.
Gula deoksiribosa pada DNA merupakan gula lima karbon yang kehilangan 1 atom oksigen. Gula deoksiribosa memegang basa nitrogen pada atom karbon nomor 1, sedangkan atom C nomor 5 berikatan dengan gugus fosfat. Gugus fosfat ini saling berikatan dengan gugus fosfat lainnya membentuk ikatan fosfodiester. Karena DNA merupakan rantai ganda dan atom-atom karbon mempunyai aturan diatas untuk mengikat basa nitrogen dan gugus fosfat maka satu rantai DNA terlihat berdiri tegak sedangkan rantai pasangannya justru terbalik. Maka pada notasi penulisan kode genetik DNA, ditulis 5’-kode genetik-3’, sedangkan untuk rantai pasangannya justru ditulis 3’-kode genetik-5’. Pengaturan ini disebut konfigurasi antiparalel.
Ada 4 jenis basa nitrogen yang berikatan pada DNA yaitu adenine, thymine, cytosine dan guanine. Berdasarkan struktur cincinnya, maka ada 2 kelompok basa nitrogen yaituu purin(adenine dan guanine yang bercincin 2) dan pirimidin(cytosine dan thymine yang bercincin satu, pada RNA, thymin diganti oleh uracil). Basa Purin selalu berpasangan dengan basa pirimidin melalui ikatan hidrogen. Adenine selalu berpasangan dengan hymine melalui 2 ikatan hidrogen sedangkan cytosine berpasangan dengan guanine melalui 3 ikatan hidrogen.
REPLIKASI DNA
Replikasi DNA berarti penggandaan. Ada 3 model replikasi DNA yaitu :
1. Model konservatif. Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA bereplikasi tanpa memisahkan rantai-rantainya
2. Model semi konservatif. Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA berpisah kemudian bereplikasi
3. Model dispersig. Model ini menyatakan bahwa DNA terpecah menjadi potongan-potongan yang kemudian bereplikasi
Meselson dan Stahl membuktikan bahwa DNA bereplikasi sesuai model semi-konservatif.
Replikasi membutuhkan sesuatu untuk direplikasi, sesuatu yang mereplikasi dan batu bata yang membuat replikasi. DNA parental(DNA induk) bertindak sebagai cetakan (template). Proses replikasi terbagi atas 3 tahap:
• Inisiasi. Replikasi tidak berlangsung pada titik acak pada DNA namun berlangsung pada awal yang disebut tempat awal replikasi. Protein inisiator menempel pada daerah tersebut kemudian berikatan menyebatkan rantai heliks terbuka untuk menunjukkan satu rantai yang digunakan untuk membangun rantai baru.
• Elongasi. DNA polimerase bertugas untuk memasangkan basa nitrogen baru dengan rantai DNA lama sehingga terbentuklah rantai DNA yang baru. DNA polimerasememanmbahkan basa-basa baru ke ujung 3 rantai yang ada, kemudian mereka mensintesis dari arah 5’ ke 3’ dengan menyediakan rantai basa pasangan untuk cetakan. DNA polimerase juga butuh primer untuk memulai sintesis, primer ini bisa berupa pasangan basa nitrogen tertentu (Poly A atau TATA Box) atau rantai RNA
• Terminasi. Replikasi berakhir saat DNA Polimerase mengenali daerah basa nitrogen yang diulang-ulang, daerah ini disebut telomer.Maka terbentuklah rantai DNA yang baru.
Pada Sintesis protein, salah satu rantai DNA akan dikodekan oleh mRNA. Rantai yang dikodekan tersebut disebut DNA Sense atau DNA template, sedangkan rantai pasangannya yang tidak dicetak disebut DNA Antisense atau DNA Komplementer. Triplet kode-kode genetik DNA yang dikodekan oleh mRNA disebut kodogen.
RNA
Berbeda dengan DNA, RNA merupakan rantai panjang lurus yang berfungsi dalam sintesis protein. Terdapat 3 jenis RNA yaitu:
1. mRNA(messenger RNA atau RNA duta/RNAd), bertugas untuk mengkodekan kode genetik dari DNA untuk sintesis protein. Terdapat di anak inti.sel. Triplet kode genetik pada mRNA disebut kodon.
2. tRNA(transfer RNA atau RNAt), bertugas untuk mencocokkan triplet yang ada pada mRNA dengan protein yang sesuai. Terdapat di sitoplasma. Triplet kode genetik pada tRNA disebut antikodon.
3. rRNA(ribosomal RNA atau RNAr), bertugas untuk memasangkan kodon mRNA dengan antikodon tRNA dan menggeser rantai-rantai supaya terbentuk polipeptida(protein). Terdapat di ribosom.
Struktur RNA(ribosenucleic acid) yaitu
• Gula 5 karbon ribosa
• Gugus fosfat
• Basa nitrogen yang persis sama dengan basa nitrogen DNA namun pada mRNA thymine diganti dengan uracil.
PERSIAPAN SEBELUM SINTESIS PROTEIN
Sebelum sintesis protein dilakukan, perlulah diadakan persiapan yang menyeluruh, salah satunya pemasangan asam amino pada salah satu ujung tRNA. 1 asam amino harus diikatkan pasada salah satu ujung tRNA dengan antikodon yang benar, namun protein ini sesuai dengan kodon bukan antikodon. Enzim yang melakukan proses ini adalah enzim tRNA aminoasil sintetase. Enzim ini mengikatkan asam amino pada bagian sisi asam amino kemudian tRNA dengan antikodon spesifik untuk asam aminonya. tRNA dan asam amino berikatan pada enzim sebelum akhirnya dilepaskan.
SINTESIS PROTEIN
Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang diatur susunannya oleh kode genetik. Sintesis protein dimulai dari anak inti sel, sitoplasma dan ribosom. Sintesis protein terdiri dari 3 tahapan besar yaitu:
1. Transkripsi. DNA membuka menjadi 2 rantai terpisah. Karena mRNA berantai tunggal, maka salah satu rantai DNA ditranskripsi(dicopy, istilah lainnya). Rantai yang ditranskripsi dinamakan DNA sense atau template dan kode genetik yang dikode disebut kodogen. Sedangkan yang tidak ditranskripsi disebut DNA antisense/komplementer. RNA Polimerase membuka pilinan rantai DNA dan memasukkan nukleotida-nukleotida untuk berpasangan dengan DNA sense sehingga terbentuklah rantai mRNA. Contoh transkripsi:
Sense/Template 5’-TACCGACCGGGAAAT-3’
Antisense/Komplementer 3’-ATGGCTGGCCCTTTA-5’
mRNA 3’-AUGGCUGGCCCUUUA-5’
2. Translasi dan Sintesis. mRNA yang sudah terbentuk keluar dari anak inti sel menuju rRNA. Disana mRNA masuk ke rRNA diikuti oleh tRNA. Ketika antikodon pada tRNA cocok dengan kodon mRNA kemudian rantai bergeser ke tengah. Kodon mRNA berikutnya dicocokkan dengan tRNA kemudian asam amino yang pertama berikatan dengan asam amino kedua. tRNA pertama keluar dari rRNA. Proses ini berlangsung hingga kodon stop, ribosom subunit besar dan kecil terpisah, mRNA dan tRNA keluar dari ribosom.
mRNA 3’-AUGGCUGGCCCUUUA-5’
tRNA 5’-UACCGACCGGGAAAU-3’
KODE GENETIK
Protein yang terbentuk dalam sintesis protein mengikuti kode genetik berdasarkan kode genetik mRNA(kodon). Kode genetik itu berbentuk triplet sehingga terjadi kelimpahan kode untuk protein. 1 protein bisa mempunyai lebih dari 1 triplet genetik. Yang perlu diingat adalah triplet untuk kodon start(awal) untuk sintesis protesin dan stop untuk menghentikan proses sintesis protein.
Kodon start: AUG, proteinnya methionine
Kodon stop : UAA,UAG, UGA
Huruf Kedua
Huruf pertama U C A G Huruf Ketiga
U UUU Phe UCU Se UAU Tyr UGU Cys U
UUC UCC UAC UGC C
UUA Leu UCA UAA Stop UGA Stop A
UUG UCG UAG Stop UGG Trp G
C CUU Leu CCU Pro CAU His CGU Arg U
CUC CCC CAC CGC C
CU CCA CAA Gln CGA A
CUG CCG CAG CGG G
A AUU Ile ACU Thr AAU Asn AGU Ser U
AUC ACC AAC AGC C
AUA ACA AAA Lys AGA Arg A
AUG Met ACG AAG AGG G
G GUU Val GCU Ala GAU Asp GGU Gly U
GUC GCC GAC GGC C
GUA GCA GAA Glu GGA A
GUG GCG GAG GGG G
Rumus cepat:mRNA=DNA komplementer=DNA antisense=kode protein
tRNA=DNA template=DNA sense=kodogen
Dari DNA ke RNA, T diganti menjadi U.
METABOLISME SEL:KATABOLISME
Berbagai reaksi kimia yang berlangsung dalam tubuh makhluk hidup untuk mempertahankan hidup disebut metabolisme.
Metabolisme terbagi menjadi 2 bagian, yaitu anabolisme dan katabolisme. Anabolisme adalah reaksi kimia yang memerlukan energi untuk membentuk senyawa kompleks dari senyawa sederhana. Katabolisme adalah reaksi kimia yang menghasilkan energi dengan memecah senyawa kompleks menjadi senyawa sederhana.
Dalam tubuh organisme, terdapat ribuan proses kimia yang berlangsung melibatkjan ribuan enzim. Karena itu, produk suatu enzim bisa menjadi substrat bagi enzim lainnya. Semua reaksi kimia dalam organisme hidup diatur dengan mengatur kerja katalisator.
ENZIM
Enzim merupakan pemercepat laju reaksi kimia tanpa ikut bereaksi didalamnya, atau disebut juga katalisator. Karena enzim terdapat di dalam organisme hidup maka enzim disebut biokatalisator. Enzim bekerja spesifik(hanya dapat mengikat 1 jenis substrat) dan diperlukan dalam jumlah sedikit.
Sebagian besar enzim terdiri dari protein globular(apoenzim) dengan 1 atau lebih celah yang disebut sisi aktif pada permukaannya. Substrat menempel pada sisi aktif enzim dan membentuk kompleks enzim-substrat. Disini energi aktivasi untuk memutuskan ikatan kimia atau membentuk ikatan kimia baru substrat diturunkan. Setelah proses selesai, substrat sudah menjadi produk dan segera lepas enzim, sehingga enzim dapat bekerja mengikat substrat lagi.
Enzim bekerja secara reversible dan berulang-ulang. Dengan kata lain, suatu enzim dapat merubah substrat menjadi produk dan produk kembali menjadi substrat. Enzim bekerja mengikat substrat baru setelah produk dihasilkan sampai kebutuhan akan produk sudah terpenuhi.
Kerja katalis enzim dipengaruhi oleh konsentrasi substrat dan enzim yang bekerja itu sendiri. Apapun yang mempengaruhi enzim dapat merubah struktur 3 dimensinya dan kemampuannya untuk mengikat substra. Faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim:
1. Suhu. Menaikkan suhu pada reaksi yang tidak dikatalisasi dapat meningkatkan laju reaksi kimianya karena tambahan energi meningkatkan pergerakan molekul. Laju reaksi terkatalisasi-enzim juga ditingkatkan oleh suhu, tapi hanya mencapai titik yang disebut suhu optimum. Dibawah suhu ini, ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik yang menentukan bentuk enzim tidak cukup fleksibel untuk mengizinkan pengikatan optimal untuk katlis. Di bawah suhu, gaya ini terlalu lemah untuk menahan bentuk enzim melawan kenaikan pergerakan acak atom-atom pada enzim. Pada suhu yang lebih tinggi, enzim terdenaturasi, struktur proteinnya berubah sehingga tidak bisa digunakan untuk reaksi kimia alias rusak. Namun, pada suhu yang rendah, enzim menjadi tidak aktif.
2. pH. Interaksi ionik antara residu asam amino yang berlawanan muatan, seperti asam glutamat(-) dan lisin(+), juga menyanggah enzim bersama. Interaksi ini sangat sensitif konsentrasi ion dimana biasanya enzim terlarut karena begitu konsentrasinya berubah, keseimbangan antara residu asam amino yang bermuatan positif dan negatif akan berubah. Karena itu, kebanyakan enzim bekerja pada pH optimum dari 6-8. Namun, enzim yang bekerja pada kondisi yang sangat asama, seperti pepsin, dpat mempertahankan bentuk 3 dimensional proteinnya di dalam konsentrasi tinggi ion hidrogen.
3. Penghambat (inhibitor) dan pengaktivasi (aktivator). Kerja enzim sangat sensitif terhadap kehadiran substansi yang dapat mengikat enzim dan menyebabkan bentuk enzim itu berubah. Namun, melalui substansi ini, sel dapat mengatur kapan enzim aktif dan tidak aktif pada waktu tertentu. Kemampuan ini membuat sel dapat meningkatkan efisiensi dan mengontrol perubahan karakteristik selama perkembangn. Substansi yang mengikat enzim dan menurunkan aktivitasnya disebut inhibitor(penghambat). Banyak kejadian bahwa dimana suatu produk akhir dari jalur metabolisme menjadi penghambat pada reaksi awal., proses ini disebut mekanisme penghambat. Penghambatan ini ada 2 cara: penghambat kompetitif yang melekat pada sisi aktid enzim sehingga enzim tidak dapat berikatan dengan substrat dan penghambat non-kompetitif yang berikatan pada bagian lain enzim sehingga bentuk sisi aktif enzim berubah dan tidak dapat berikatan dengan substrat. Cara yang sama digunakan untuk mengaktivasi enzim. Pengaktivasi allosterik mengikat pada bagianlain enzim(allosterik) dan membuat enzim bekerja lebih dari biasanya.
4. Kofaktor enzim. Fungsi enzim biasanya diikuti oleh suatu zat kimia yang disebut kofaktor, yang bisa berupa ion besi. Jika kofaktornya adalah molekul organik nonprotein maka disebut koenzim.
ATP
Semua transaksi kimia di dalam sel menggunakan mata uang energi yaitu nukleotidak Adenosin Trifosfat, yang memberi energi untuk setiap kegiatan sel.
ATP tersusun oleh 3 bagian yaitu gula 5 karbon yaitu ribosa, basa nitrogen purin dengan 2 cincin karbon-nitrogen, adenin dan rantai 3 fosfat.
Rahasia bagaimana ATP menyimpan energi terdapat pada grup trifosfatnya. Grup fosfat ini sangat bermuatan negatif dan mereka berikatan satu sama lain dengan kuat, namun ikatan kovalen yang menggabungkan fosfat tidak stabil. Ikatan yang tidak stabil ini membuat fosfta di dalam ATP punya energi aktivasi yang rendah dan mudah putus akibat hidrolisis. Saat putus, mereka mengluarkan jumlah energi yang besar. Dengan kata lain, hidrolisis ATP mempnuyai ∆G negatif dan energi yang dikeluarkan dapat digunakan untuk aktivitas.
Dalam sebagian reaksi yang melibatkan ATP, hanya ikatan fosfat berenergi tinggi paling luar saja yang dihidrolisis, memisahkan grup fosfat yang paling akhir. Saat ini terjadi, ATP menjadi Adenoisin Difosfat(ADP) ditambah 1 fosfat anorganik(Pi). 2 terminal gugus fofat paling luar bisa dihidrolisis sehingga tersisa Adenosin Monofosfat(AMP), namun gugus fosfat yang terakhir ini tidak berenergi tinggi.
KATABOLISME : RESPIRASI SELULER
Tumbuhan, alga dan beberapa bakteri mengambil energi dari sinar matahari melalui fotosintesis, merubah energi cahaya menjadi energi kimia, untuk digunakan membuat makanan disebut organisme autotrof.. Sebaliknya, oprganisme yang hidup dari hasil produksi organisme autotrof atau tidak bisa membuat makan sendiri disebut organisme heterotrof. Organisme heterotrog memecah makanan mereka menjadi energi. Proses oksidasi senyawa organik untuk mendapat energi dari pemutusan ikatan kimia pada tingkatan sel disebut respirasi seluler. Ada 2 macam respirasi yaitu respirasi aerob dan respirasi anaerob.
RESPIRASI AEROB
Proses repirasi disebut aerob karena dibutuhkan oksigen sebagai akseptor elektron, selain itu disebut respirasi anaerob atau fermentasi. Respirasi aerob terdapat 4 tahap utama yaitu Glikolisis, Dekarboksilasi Oksidatif, Siklus Krebs dan Transpor Elektron.
Glikolisis adalah 10 tahap pertama biokimia yang menghasilkan ATP pada fosforilasi tingakt substrat. Untuk 1 molekul glukosa, 2 ATP digunakan pada 3 tahap pertama dan 4 ATP dihasilkan pada 4 tahap terakhir. Hasil kotor glikolisis yaitu 2 molekul asam piruvat(3C), 2 ATP, 2 NADH dan 2 H2O. Glikolisis terjadi di sitosol/sitoplasma dan bisa dianggap proses anaerob karena belum menggunakan oksigen. Ringkasan tahapan glikolisis:
• Fosforilasi glukosa oleh ATP
• Penyusunan kembali struktur glukosa yang terfosforilasi, diikuti oleh fosforilasi kedua.
• Molekul glukosa(6C) akhirnya pecah menjadi 2 senyawa 3 karbon berlainan yaitu Glyceraldehyde 3 phosphate (G3P atau PGAL) dan satunya lagi yaitu Dihydroxylacetone phosphate (DHAP). DHAP segera diubah menjadi PGAL oleh enzim isomerase. (Proses perubahan ini mencapai kesetimbangan di dalam tabung reaksi namun hal ini tidak terjadi di dalam tubuh makhluk hidup)
• Oksidasi yang diikuti oleh fosforilasi dari fosfat anorganik(bukan dari ATP) menghasilkan 2 NADH dan 2 molekul difosfogliserat(BPG/PGA), masing-masing dengan 1 ikatan fosfat berenergi tinggi
• Pelepasan ikatan berenergi tinggi dengan 2 ADP menghasilkan 2 ATP dan meninggalkan 2 molekul fosfogliserat(PGA)
• Pelepasan air menyebabkan 2 molekul fosfoenolpiruvat dengan ikatan fosfat energi tinggi
• Pelepasan fosfat energi tinggi oleh 2 ADP menghasilkan 2 ATP dan hasil akhir glikolisis yaitu 2 molekul asam piruvat.
Enzim-enzim dalam proses glikolisis yaitu:
-Heksokinase: Fosforilasi glukosa oleh ATP sehingga menghasilkan glukosa 6 fosfat
-Fosfoglukoisomerase: Penyusunan molekul glukosa terfosforilasi menjadi fruktosa terfosforilasi(fruktosa 6 fosfat)
-Fosfofruktokinase: Fosforilasi fruktosa 6 fosfat oleh ATP sehingga menghasilkan Fruktosa 1,6 Difosfat
-Aldolase:Memecah fruktosa 1,6 difosfat menjadi dihidroksilaseton fosfat dan gliseraldehida 3 fosfat
-Isomerase:Mengubah semua dihidroksilaseton fosfat menjadi gliseraldehida 3 fosfat
-Gliseraldehida 3 fosfat dehidrogenase atau triosa fosfat dehidrogenase: Fosforilasi Gliseraldehida 3 fosfat oleh fosfat anorganik dari sitosol, oksidasi untuk membentuk NADH sehingga menghasilkan 1,3 difosfogliserat
-Fosfogliserokinase: Pelepasan gugus fosfat untuk membentuk ATP sehingga menghasilkan 3 fosfogliserat
-Fosfogliseromutase: Merubah 3 fosfogliserat menjadi 2 fosfogliserat
-Enolase Menghasilkan air sehingga terbentuk fosfoenolpiruvat
-Piruvat kinase Pelepasan gugus fosfat untuk membentuk ATP sehingga hasil akhir berupa asam piruvat
Dekarboksilasi oksidatif adalah tahap kedua dimana 2 molekul asam piruvat yang dihasilkan dari 1 molekul glukosa dirubah menjadi senyawa berkarbon 2 yaitu asetil CoA(asetil koenzim A) dengan melepaskan 2 CO2 dan 2 NADH. Dekarboksilasi oksidatif terjadi di dalam membran luar mitokondria. Enzim yang berperan adalah CoA dan piruvat dehirogenase yang berfungsi mereduksi piruvat sehingga melepaskan Co2 dan NADH serta berikatan dengan piruvat tereduksi(asetil) untuk dibawa ke mitokondria.
Siklus Krebs adalah tahap ketiga dengan 9 reaksi dimana gugus asetil dari piruvat dioksidasi sehingga menghasilkan NADH, FADH, ATP dan CO2. Siklus ini dinamakan siklus Krebs karena ditemukan oleh Hans Krebs. Siklus Krebs bisa disbut juga siklus asam sitrat karena senyawa yang pertama kali terbentuk adalah asam sitrat. Siklus Krebs terjadi di matriks mitokondria dan ringkasan tahapannya sebagai berikut:
• Asetil CoA ditambah Oksaloasetat menghasilkan molekul sitrat yang berkarbon 6.
• Penyusunan kembali molekul sitrat dan dekarboksilasi. 5 reaksi berikutnya menyederhanakan sitrat ke molekul 5 karbon dan kemudian ke molekul 4 karbon yaitu suksinat. Selama reaksi ini berlangsung, dihasilkan 2 NADH dan 1 ATP.
• Regenerasi oksaloasetat. Suksinat melewati 3 reaksi tambahan untuk menjadi oksaloasetat. Selama proses ini, dihasilkan 1 NADH dan 2 FADH.
Enzim-enzim yang digunakan:
-Sitrat sintetase: Membentuk sitrat dari oksaloasetat dan asetil CoA. Kerja enzim ini irreversible dan terhambat saat konsentrasi ATP tinggi dan dipicu ketika konsentrasi ATP rendah
-Akonitase: Penyusunan kembali molekul sitrat dengan memindahkan gugus H dan OH pada karbon berlainan, membentuk isositrat
-Isositrat dehidrogenase: Mengoksidasi isositrat sehingga dihasilkan NADH dan CO2, sehingga isositrat berubah menjadi molekul 5 karbon, α ketoglutarat
-α ketoglutarat dehidrogenase: Mengoksidasi α ketoglutarat membentuk gugus suksinil yang bersatu dengan Coa sehingga terbentuk suksinil CoA
-Suksinil KoA sintetase: Pelepasan ikatan antara gugus suksinil dan KoA untuk dijadikan ATP sehingga molekul tersisa menjadi Suksinat
-Suksinat dehidrogenase: Mengoksidasi suksinat menjadi fumarat dan menghasilkan FADH
-Fumarase: Menambahkan air ke fumarat untuk membentuk malat
-Malat dehidrogenase: Mengoksidasi malat dan melepaskan NADH sehingga terbentuk kembali oksaloasetat
Rantai transport elektron adalah proses terakhir untuk mengahsilkan ATP, H2O yang terjadi di membran dalam/krista mitokondria. Pada tahap ini, elektron yang dibawa oleh NADH ditransfer ke berbagai pembawa elektron supaya energinya bisa digunakan untuk memompa proton. Gradien proton yang dibuat oleh transpor elektron digunakan oleh enzim ATP sintase untuk menghasilkan ATP. Proses pemompaan proton untuk menghasilkan ATP juga disebut kemiosmosis.
Enzim-enzim yang terlibat anatara lain NADH dehidrogenase (melepaskan ion H dari NAD dan mengoper elektron ke ubiquinon), ubiquinon (mengoper elektron ke komplek protein sitrokrom), kompleks bc1 (memompa proton dan mengoper elektron ke sitrokrom c), sitokrom c (mereduksi oksigen dengan 4 elektron membentuk air), ATP sintase (memompa proton untuk menghasilkan ATP).
Hasil akhir respirasi seluler:
1. Glikolisis, hasil 2 ATP, 2 piruvat, 2 NADH, 2 H2O
2. Dekarboksilasi oksidatif, hasil 2 NADH, 2 CO2
3. Siklus Krebs, hasil 6 HADH, 2 FADH, 4 CO2, 2 ATP
4. Transpor elektron, hasil 34 ATP, H2O.
Jumlah bersih ATP : 38 ATP(36 ATP karena 2 ATP dipakai untuk memasukkan NADH ke mitokondria, 30 ATP karena membran mitokondria agak bocor sehingga proton bisa lewat tanpa melalui ATP sintase dan mitokondria terkadang memakai gradien proton untuk keperluan lain seperti memasukkan piruvat ke matriks daripada sintesis ATP).
RESPIRASI ANAEROB
Jika tak ada oksigen, sel tidak memliki akseptor elektron alternatif untuk memproduksi ATP, sehingga terpaksa elektron yang didapatkan dari glikolisis diangkut oleh senyawa organik, proses ini disebut fermentasi.
Fermentasi alkohol dilakukan oleh ragi dengan cara melepaskan gugus Co2 dari piruvat melalui dekarboksilasi dan menghasilkan molekul 2 karbon, asetaldehida. Asetaldehida kemudia menerima elektron dari NADH sehingga berubah menjadi etanol. Fermentasi alkohol dilakukan oleh tumbuhan.
Fermentasi asam laktat dilakukan oleh sel hewan dengan cara mentransfer elektron dari NADH kembali ke piruvat sehingga dihasilkan asam laktat yang menyebabkan pegal-pegal.
Rabu, 25 Juni 2008
Soal:Genetika dan Evolusi
GENETIKA DAN EVOLUSI I
1. Pernyataan mana yang benar tentang mutasi?
a. kecepatan mutasi cenderung tinggi pada sebagian besar populasi
b. umumnya bersifat letal
c. hanya gen-gen tertentu saja yang temutasi
d. merupakan sumber variasi genetik
e. merupakan sumber variasi fenotipik
2. Trisomi 21 pada manusia disebabkan karena ... .
a. pleiotropi
b. penurunan poligenik
c. epistasis
d. pasangan kromosom tidak terpisah waktu meiosis
e. pasangan kromosom poliploidi
3. Peristiwa mana yang tidak menghasilkan varias genetik pada suatu populasi?
a. Perpisahan bebas dari kromosom selama meiosis
b. pindah silang antara kromosom homolog selama meiosis I
c. pidah silang antara kromosom homolog selama meiosis II
d. penyatuan secara acak dari telur dengan sel sperma
e. pindah silang antara lokus gen selama meiosis II
pertanyaan no. 4-7
Percobaan persilangan dilakukan untuk menghasilkan kombinasi baru dari pola dan bentuk bunga :
| P | tanaman dengan bunga tunggal dan keriting | x | tanaman dengan bunga ganda (pola bunga) dan lurus (bentuk bunga) |
| F1 | semua keturunan mempunyai bunga tungal dan lurus | | |
| F2 | 290 tanaman dengan bunga tunggal danl urus 99 tanaman dengan bunga tunggal dan keriting 101 tanaman dengan bunga ganda dan keriting 32 tanaman dengan bunga ganda dan keriting | | |
4. Hasil persilangan ini menunjukkan hal apa tentang sifat parental (P) ?
a. keduanya heterozigot untuk pola dan bentuk bunga
b. satu homozigot dominan untuk pola dan bentuk bunga, sedangkan yang satu lagi homozigot resesif untuk pola dan bentuk bunga
c. satu homozigot dominan untuk pola bunga dan homozigot resesif untuk bentuk bunga, sedangkan yang satu lagi homozigot resesif untuk pola bunga dan homozigot dominan untuk bentuk bunga
d. satu homozigot dominan untuk kedua pasang sifat, sedangkan yang satu lagi heterozigot untuk kedua pasang sifat
5. Berdasarkan hasil percobaan, beberapa gen yang mengontrol keempat sifat yang diamati (tunggal, ganda, lurus, keriting)?
a. satu
b. dua
c. empat
d. delapan
e. tiga
6.
a. empat
b. delapan
c. sembilan
d. enambelas
e. tigapuluh dua
7. Hasil percobaan menunjukkan bahwa pola bunga dan bentuk bunga bunga dikontrol oleh ...
a. alel berbeda dari gen yang sama
b. dua gen berbeda pada kromosom yang sama
c. sempat gen berbeda pada kromosom yang sama
d. dua gen berbeda pada kromosom yang berbeda
8. Umumnya sifat-sifat resesif yang terpaut seks, seperti buta warna, lebih sering muncul pada pria daripada wanita karena ... .
a. pria tidak memiliki alel pada kromosom X untuk menutupi alel pada kromosom Y
b. pria tidak memiliki alel pada kromosom Y untuk menutupi alel pada kromosom X
c. pria membawa semua sifat terpaut seks pada kromosom Y
d. wanita selalu embawa satu alel dominan pada salah satu kromosom X-nya, karena mereka memiliki dua kromosom X
Untuk soal no 9 dan 10 pergunakan data tentang bajing di sebuah taman. Dalam populasi bajing pada suatu taman, 16% menunjukkan sifat yang resesif ekor melingkar.
9. Frekuensi heterozigot dalam populasi tersebut adalah ... .
a. 0,08
b. 0,24
c. 0,36
d. 0,48
10. Berapa frekuensi alel dominan (T) dalam populasi?
a. 0,40
b. 0,16
c. 0,26
d. 0,60
e. 0,32
11. Mana dari pernyataan berikut ini yang bukan merupakan bagian teori seleksi alami
a. variasi genetik ada diantara individu di suatu populasi
b. ukuran dari populasi tetap umumnya relative konstan, meskipun kenyataannya lebih banyak keturunan yang dihasilkan daripada dipertahankan
c. penghuni sebelumnya menyimpan biji hanya dari tanaman pangan yang paling produktif untuk ditanam pada tahun berikutnya
d. penyakit, kompetisi, dan kekuatan alami lainnya dapat mengeliminasi individu dalam populasi yang kurang beradaptasi terhadap lingkungannya
e. individu yang paling mampu beradaptasi terhadap lingkungannya akan mewariskan karakteristik yang menguntungkan ke keturunannya
12. Dari organisme di bawah ini, yang amna yang merupakan urutan evolusi menurut waktu, dimulai dari organisme yang muncul pertama kali?
a. sponge, cacing pipih, chrdata, moluska
b. cacing pipih, moluska, sponge, chordata
c. sponge, cacing pipih, moluska, chordata
d. moluska, sponge, cacing pipih, chordata
e. cacing pipih, sponge, chordata, moluska
13. Menurut teori evolusi modern, proses apa yang muncul pertama kali?
a. daur Krebs
b. respirasi anaerob
c. nutrisi autotrofik
d. fotosintesis
e. kemosintesis
14. Mutasi kecil lebih berarti daripada mutasi besar-besaran dalam kaitannya dengan proses evolusi. Hal tersebut didasari pada kenyataan bahwa
a. mutasi besar bersifat netral pengaruhnya terhadap individu
b. mutasi kecil bersifat menguntungkan dan merupakan asal mula terjadinya variabilitas genetic
c. mutasi besar merupakan asal mula terjadinya variabilitas genetic dan bersifat menguntungkan
d. mutasi kecil bersifat netral pengaruhnya terhadap individu
15. Genetic drift merupakan agensi evolutif yang tidak dapat diabaikan peranannya dalam proses evolusi, mengingat bahwa dalam peristiwa tersebut
a. terjadi pengurangan gen pada populasi karena ada gen yang hilang diikuti dengan adanya spesiasi
b. selalu dapat menyebabkan terjadinya spesiasi
c. selalu dapat menyebabkan terjadinya variasi
d. terjadi penambahan gen pada populasi karena ada gen yang masuk, tanpa adanya variasi
Untuk setiap keterangan di sebelah kiri, berikan kata di sebelah kanan yang paling cocok. Setiap kata di sebelah kanan dapat merupakan jawaban dari pada satu keterangan, lebih dari satu keterangan atau bukan jawaban dari keterangan manapun.
| 16. Seorang wanita dengan golongan darah A mempunyai satu anak dengan golongan darah A dan satu anak dengan golongan darah B. Berapa probabilitas bahwa anak ketiga mempunyai golongan darah A? | a. 0% |
| 17. Drosophila dumpy (dpdp) dikawinkan dengan yang normal homozigot. F1 dikawinkan sesamanya. Berapa probabilitas untuk F2 yang normal? | b. 25% |
| 18. Drosophila dumpy (dpdp) dikawinkan dengan yang normal homozigot. F1 dikawinkan sesamanya. Berapa probabilitas bahwa pada F2 mempunyai genotipe DpDp? | c. 50% |
| 19. Suatu kacang polong mempunyai genotipe pp yy Rr. Berapa probabilitas untuk memperoleh garnet yang p y R? | d. 75% |
| 20. Pada kacang polong warna bunga ungu (P), warna biji kuning (Y) dan biji bundar (R) bersifat dominan terhadap bunga warna putih, biji hijau dan keriput. Kalau kacang polong dengan genotipe pp yy Rr disilangkan dengan Pp Yy RR, berapa probabilitas untuk memperoleh kacang polong berbunga ungu, biji bundar dan keriput? | |
21. Burung Finch di Galapagos diduga berasal dari Amerika Selatan sampai di kepulauan Galapagos karena suatu kebetulan. Di Amerika Selatan burung tersebut tidak berevolusi seperti di Galapagos karena
a. di Amerika makanannya melimpah
b. di Amerika tidak ada pemangsa burung Finch
c. ciri burung Finch yang di Amerika berbeda dengan yang di Galapagos
d. situasi alam di Amerika tidak merupakan tekanan
22. Dalam suatu populasi masyarakat diketahui 9% adalah penderita albino. Perbandingan frekuensi genotip orang normal, carrier, dan albino adalah ...
a. 81 : 10 : 9
b. 9 : 49 : 42
c. 42 : 49 : 9
d. 49 : 42 : 9
23. Pada tomat, daun "terpotong" (T) bersifat dominan terhadap daun "kentang" dan batang ungu (LQbersifat dominan terhadap batang hijau. Pada suatu hasil persilangan, diperoleh fenotipe Fl sebagai berikut: ungu-”terpotong” = 1790; ungu-"kentang"=620; hijau-"terpotong” = 623; hijau-”kentang”=222. Apa genotipe parentalnya?
a. UuTt x UuTt c. uutt x uutt
b. UuTt x Uutt d. UUTt x uuTt
24. Pada percobaan tentang probabilitas, dua uang logam yang sama dikocok dalam gelas, dijatuhkan ke meja dan diamati permukaan yang mana yang menghadap ke atas, garuda atau angka. Hasil dari 100 kali percobaan dicatat. Apa hasil percobaan yang diharapkan diperoleh?
a. dua garuda-25%; satu garuda dan satu angka-50%; dua angka-25%.
b. dua garuda-25%; dua angka-75%.
c. dua garuda-50%; satu garuda dan satu angka-50%
d. satu garuda dan satu angka-50%; dua angka-50%.
25. Pada marmot, bulu hitam bersifat dominan. Dari suatu hasil persilangan, separuh dari anak-anak marmot yang lahir berwarna putih. Apa genotip parentalnya?
a. Bb ´ Bb c. bb ´ bb
b. Bb ´ bb d. BB ´ bb
26.
a. kuning c. coklat
b. hitam d. kuning dan hitam
27. Mata coklat bersifat dominan terhadap mata biru. Dalam suatu populasi, 9% mempunyai mata biru. Berapa % populasi tersebut yang mempunyai mata coklat yang heterozigot?
a. 91% c. 70%
b. 30% d. 42%
28. Mana dari kejadian berikut yang tidak berperan terhadap variasi genetik dalam suatu populasi?
a. penyusunan kromosom sccara independen selama meiosis
b. crossing over antara kromosom homolog selama meiosis I
c. crossing over antara kromosom homolog selama meiosis II
d. penggabungan secara acak dari telur dan sperma
e. mutasi acak
29. Diagram dibawah ini menunjukkan tiga generasi yang mengalami ketulian dalam suatu keluarga. Bulatan hitam menggambarkan wanita yang tuli, dan bulatan putih menggambarkan wanita normal. Kotak hitam menggambaikan pria yang tuli dan kotak putih menggambarkan pria normal.

Kondisi yang ditunjukkan dari silsilah diatas adalah diwarisi sebagai
a. suatu karakteristik autosom dominan
b. suatu karakteristik autosom resesif
c. suatu karakteristik dominan keterpauian seks
d. suatu karakteristik resesif keterpautan seks
e. suatu karakteristik holandrik
Pertanyaan 30 berdasarkan data berikut.
Pada Drosophila, ada gen dominan terhadap tubuh berwarna abu-abu dan gin dominan lainnya untuk sayap normal. Alel resesif dari duagen ini berturut-turut menghasilkan tubuh berwarna hitam dan sayap vestigial. Lalat homozygous berwarna abu-abu dan sayap normal disilangkan dengan lalat bertubuh hitam dan sayap vestigial. Keturunan P, kemudian disilangkan dengan hasil F2 berikut ini:
· Tubuh abu-abu, sayap normal 236
· Tubuh hitam, sayap vestigial 253
· Tubuh abu-abu, sayap vestigial 50
· Tubuh hitam, sayap normal 61
30. Gen dari karakteristik ini adalah
a. tidak terpaut
b. terpaut tanpa crossing-over
c. terpaut dengan 18,6% crossing-over
d. terpaut dengan 37,2% crossing-over
e. terpaut dengan 81,4% crossing-over

